L’Università degli Studi di Perugia fu fondata nel 1308, nella forma di Studium Generale, con l’emanazione della bolla papale Super specula da parte di Clemente V. Lo Studium raccolse esperienze pregresse d’isegnamento nell’ambito delle arti liberali, della medicina e del diritto. Nel 1355 Carlo IV le conferì lo status di Università imperiale, per favorire il progresso della città. Con l’Unità d’Italia l’Università passo sotto l’autorità e la giurisdizione del Rettore e del consiglio cittadino. Nel corso del Novecento, l’offerta didattica si ampliò con l’avvio di molteplici facoltà: da Scienze politiche a Chimica e Agraria, da Medicina veterinaria a Ingegneria ed Economia.
L’attuale conformazione conta 16 dipartimenti.