La fondazione dell’Università degli Studi del Sannio risale al 1998. Già a partire dalla fine degli anni ‘80, l’Università era attiva come sezione distaccata dell’Università degli Studi di Salerno. Il processo di autonomizzazione si compì nel gennaio del 1998.
L’attuale organizzazione conta 3 dipartimenti. L’Università è associata al consorzio di Biologia e genetica molecolare (BioGeM) con sede ad Ariano Iripino.