L’Università degli Studi di Siena fu fondata nel 1240 e i primi insegnamenti riguardarono la medicina e il diritto. Nel 1357 lo Studium fu riconosciuto dall’imperatore Carlo IV tra le Università del Sacro Romano Impero.
Dopo alterne vicende legate alla rivalità con l’Università di Pisa in epoca medicea, l’Università conobbe una nuova organizzazione con Leopoldo I, che incrementò anche l’offerta didattica. Nel 1859 le attività ripresero stabilmente dopo la chiusura occorsa nel 1808. Ala proposta di chiudere l’Ateneo da parte del Ministro della Pubblica Istruzione Ferdinando Martini (1892), fece seguito una sollevazione popolare che bloccò la proposta. Nel corso del Novecento nascono nuove facoltà (da Farmacia a Scienze politiche). L’attuale configurazione dell’Università prevede 15 dipartimenti. All’Università è associata la Scuola superiore Santa Chiara, riservata ai dottorati di ricerca, fondata nel 2004.